La technologie moderne et les études dosimétriques par ordinateur ont permis de réduire, sans cependant les éliminer totalement, les effets secondaires de l'irradiation au niveau des tissus sains.

Les principaux effets secondaires observés varient suivant le site d'implantation.

• Au niveau de l'abdomen : diarrhées, irritation de la vessie ou de l'anus, vomissements, douleurs abdominales.
• Au niveau du thorax : difficultés et douleurs pour avaler, toux.
• Pour la bouche : perte du goût, diminution de la salivation, irritation des muqueuses.
• Au niveau de la peau : rougeurs, picotements, pigmentation.
• Au niveau des organes génitaux : risque de stérilité (pouvant être définitive).

Une perte de cheveux ne se produit pas, sauf en cas d'irradiation du cuir chevelu.

Ces effets secondaires sont transitoires et disparaissent généralement quelques semaines après la fin du traitement. Leur intensité et leur durée sont variables d'une personne à l'autre.